Le ministre Jacob ouédraogo, dans ses tâches, est assisté par son Directeur de Cabinet, Monsieur Pierre Emanuel OUEDRAOGO. Il a pour mission d’assurer la coordination des activités du Cabinet du Ministre, d’assister le Ministre dans la gestion des affaires réservées et confidentielles, de traiter tout dossier qu’il pourrait lui confier et d’assurer les contacts officiels avec les Cabinets des autres départements ministériels et Institutions. Le cabinet du ministre est composé : de Conseillers techniques, de l’Inspection technique des services, de la Cellule des Chargés de mission, des Secrétariats techniques, des Secrétariats permanents, du Secrétariat particulier, du Service du Protocole et du Service de Sécurité.

Les conseillers techniques sont au nombre de cinq. Ils assurent l’étude et la synthèse des dossiers qui leur sont confiés par le Ministre.

L’inspection technique des services assure le contrôle de l’application de la politique du département et le fonctionnement des services, des  projets et des programmes. Les inspecteurs techniques, au nombre de 15, sont sous la coupe de l’inspecteur général des services.

Les Secrétariats permanents sont des structures mises en place en vue de piloter les volets sensibles et d’ordre stratégique des missions assignées au département. Le ministère compte quatre Secrétariats permanents.

 Le Secrétariats Permanents de la Coordination des Politiques Sectorielles Agricoles (SP-CPSA), dirigé par le Docteur Amadou Sidibé, a pour mission principale de contribuer à l’élaboration et à la mise en cohérence des politiques sectorielles dans les domaines agro-sylvo-pastoral, hydraulique, halieutique et alimentaire.

Le Secrétariat Permanent du Programme Alimentaire Mondiale (SP-PAM) a pour mission principale l’administration, la gestion, le suivi-évaluation et le contrôle des aides alimentaires du Programme Alimentaire Mondial (PAM) au Burkina Faso. Le SP-PAM est piloté par Madame Christel Kafando

Le Secrétariat Exécutif  du Conseil National de la Sécurité Alimentaire (SE-CNSA) a pour mission principale de contribuer à la prévention et la gestion de la Sécurité alimentaire et nutritionnelle. L’actuelle secrétaire exécutive est Madame Benedicta Ouédraogo. 

Le Secrétariat permanent du Comité national du CILSS (SP-CONACILSS) a pour mission principale de veiller à la mise en cohérence des politiques sectorielles et des réformes dans les domaines agro-sylvo-pastoral, hydraulique, halieutique et alimentaire avec les directives du Comité inter-Etats de lutte contre la sècheresse au sahel (CILSS). La structure est dirigée par Madame Adeline Bélem.

Quant au Secrétariat particulier, il assure la réception, le traitement et l’expédition du courrier confidentiel et réservé du Ministre. Il organise l’emploi du temps du Ministre. Le Protocole du Ministre, assuré par Silvain Kambiré, est chargé, en relation avec le Protocole d’Etat, de l’organisation des cérémonies, des audiences et des déplacements officiels du Ministre.  

Le Service de sécurité ministérielle est chargé d’assurer la sécurité du Ministre et  des installations du Ministère.