Crée en 2004, le  SE-CNSA se présente comme une traduction opérationnelle de l’ambition du gouvernement du Burkina Faso de « Réunir à terme les conditions permettant à l'ensemble des ménages burkinabè d'accéder à tout moment, à une alimentation suffisante, saine et équilibrée » et de contribuer structurellement à réduire les inégalités et la pauvreté. Cela passe par une augmentation durable du niveau et de la valeur ajoutée de la production alimentaire nationale ; un renforcement des capacités du marché afin de faciliter l’accès des populations aux produits ; une amélioration durable des conditions économiques et nutritionnelles des populations pauvres et des groupes vulnérables ; un renforcement du dispositif de prévention et de gestion des crises conjoncturelles en cohérence avec la construction de la sécurité alimentaire structurelle et un renforcement des capacités des acteurs et la promotion d’une bonne gouvernance en matière de sécurité alimentaire.